研究院科研团队致力于将网络空间安全基础核心科学技术与国家重大需求密切结合，形成了以下代表性特色科研方向：

1）网络空间信息内容分析与管理：结合多源异构信息采集、多媒体内容分析理解、机器学习等技术，展开信息分析与管理、信息内容预测、网络空间全维内容感知和态势分析等方面的研究。 
2）软件与系统安全：针对大规模网络安全管理、空/时域相结合的安全态势感知、大数据分析与共享等理论和技术展开研究，并对5G/6G、物联网、车联网、软件定义网络、信心中心网络、人工智能等新系统、新技术的安全防护进行攻关。 
3）网络防护与信息系统安全检测：重点开展检测评估、网络系统防护与取证等关键技术的研究。
4）密码学基础及其应用：重点开展隐私保护、格密码、量子密码、轻量级分组密码、区块链等技术的研究，并研制商用密码合规性检测系列装备。

除了以上方向之外，研究院在文理工交叉前沿也正在进行科研布局，重点针对诚信大数据管理、网络安全法、医疗大数据及安全、分子通信安全等方向进行重要的探索性研究。