研究院主持及参与了多项国家重大工程建设，并在2010年上海世博会等重大活动的信息安全保障体系建设中发挥了重要作用。典型应用示范科研成果包括：提出大规模网络安全管理体系架构及风险评估模型，解决了网络安全隐患发现与预警等难题；研制国内首套专业信息系统安全评估工具，弥补我国缺乏相应评估工具的不足并服务于世博安保；主持我国首次利用自主产权的技术和解决方案实施的国家九五、十五科技攻关重大项目——“S219”工程，突破了内容管理分析等技术难题，成果应用效益显著。目前，正在建设全国首个金融网络安全服务平台和智能网联汽车信息安全检测与研发平台，为国家金融关键基础设施和特大型智慧城市安全提供了有力保障。

目前，研究院科研团队在国内高水平期刊和顶级会议上发表了500余篇高水平论文，多篇入选ESI高被引论文（1%）和热点论文（前0.1%）。已获国家科技进步二等奖2项、上海市科技进步一等奖4项、教育部科技进步奖1项、上海市科技精英奖2项。